Het DNA in de genen past zich aan de omgeving aan zeggen nieuwe studies (Lamarck)

[Maria]

.....

Bijzonder interessante linken Petra.
Ga ik bestuderen.

[Maria]

Dank je, Petra, voor jouw links. Epigenetic inheritence komt voor naast natuurlijke selectie.

Zo kan je inderdaad kenmerken van dieren en mensen toeschrijven aan aanpassingen van het organisme aan het milieu die doorgegeven werden van generatie op generatie.

Niet te snel Maarten.
Vergis je niet in het verschil tussen DNA genetische erfelijkheid en epigenetics.

Maar interessant zijn deze onderzoeken wel.
Ik leer steeds bij.

[heeck]

Dank je, Petra, voor jouw links. Epigenetic inheritence komt voor naast natuurlijke selectie. 14 generaties is best lang. Na die veertien generaties zal de omgeving weer zorgen voor 'epigenetic changes', waardoor de volgende 14 generaties drager zijn. Zo kan je inderdaad kenmerken van dieren en mensen toeschrijven aan aanpassingen van het organisme aan het milieu die doorgegeven werden van generatie op generatie.

Hoezo zal de omgeving “zorgen voor”?
Je borduurt kennelijk door op je wens. Vergelijkbaar met het enthousiaste onthaal in creationistische kringen.

Nergens anders zie ik echt die opwinding die jij nodig vindt.
Je neemt het risico dat je enthousiast bent op basis van een onjuist begrip terzake.

Roeland

[Petra]

Dank je, Petra, voor jouw links. Epigenetic inheritence komt voor naast natuurlijke selectie. 14 generaties is best lang. Na die veertien generaties zal de omgeving weer zorgen voor 'epigenetic changes', waardoor de volgende 14 generaties drager zijn. Zo kan je inderdaad kenmerken van dieren en mensen toeschrijven aan aanpassingen van het organisme aan het milieu die doorgegeven werden van generatie op generatie.

Graag gedaan hoor Maarten. Het is interessante materie.


ENCODE was opgericht vnl om junk DNA te onderzoeken. Het is gebleken dat die zgn. junk een belangrijke rol speelt in epigenetica.
Er staan hier (o.a.) tegen de 400 gepubliceerde onderzoeken m.b.t. epigenomics, het leeuwendeel gaat over methylation.

https://www.encodeproject.org

https://www.encodeproject.org/about/contributors/

About the ENCODE Consortium
The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) Consortium is an international collaboration of research groups funded by the National Human Genome Research Institute (NHGRI). The goal of ENCODE is to build a comprehensive parts list of functional elements in the human genome, including elements that act at the protein and RNA levels, and regulatory elements that control cells and circumstances in which a gene is active.

ENCODE investigators employ a variety of assays and methods to identify functional elements. The discovery and annotation of gene elements is accomplished primarily by sequencing a diverse range of RNA sources, comparative genomics, integrative bioinformatic methods, and human curation. Regulatory elements are typically investigated through DNA hypersensitivity assays, assays of DNA methylation, and immunoprecipitation (IP) of proteins that interact with DNA and RNA, i.e., modified histones, transcription factors, chromatin regulators, and RNA-binding proteins, followed by sequencing.

Related Projects
REMC: The Roadmap Epigenomics Mapping Consortium (ROADMAP) identified DNA methylation, histone modifications, chromatin accessibility, and small RNA transcripts in primary human tissues.

http://www.roadmapepigenomics.org

The NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium was launched with the goal of producing a public resource of human epigenomic data to catalyze basic biology and disease-oriented research

[Petra]

https://med.stanford.edu/news/all-news/ ... ation.html

Environment, not genes, plays starring role in human immune variation, study finds

Improving gene-sequencing technologies have focused immunologists’ attention on the role of genes in diseases. But it appears the environment is an even greater factor in the human immune response.

https://med.stanford.edu/news/all-news/ ... nment.html

It’s known that these so-called epigenetic marks are more than mere graffiti. “They’re instructions rendering stretches of DNA — and the genes residing in those stretches — alternatively accessible or off-limits to the massive mobile molecular machines that read our genes. Ultimately, they orchestrate the production of the proteins our genes encode,” said PJ Utz, MD, professor of immunology and rheumatology. Utz shares senior authorship of the study with Purvesh Khatri, PhD, assistant professor of biomedical informatics and of biomedical data science, and with basic life science research associate Alex Kuo, PhD. Lead authorship is shared by basic life science research associate Peggie Cheung, PhD, and postdoctoral scholar Francesco Vallania, PhD.

Epigenetic influence

Proteins are the workhorses that carry out the bulk of a cell’s activities, so a cell’s identity and agenda are intimately tied to the types and amounts of proteins that are active inside it. While virtually every cell in your body contains the same DNA, your skin cells, fat cells and nerve cells differ vastly from one another in their protein content and, therefore, in their function. By specifying which genes are to be active or quiescent, the constellation of epigenetic marks along a cell’s DNA largely directs and defines the cell’s overall behavior.

[Petra]

Je borduurt kennelijk door op je wens. Vergelijkbaar met het enthousiaste onthaal in creationistische kringen.

Roeland

Over Darwin:
https://en.wikipedia.org/wiki/Pangenesis

Pangenesis was Charles Darwin's hypothetical mechanism for heredity, in which he proposed that each part of the body continually emitted its own type of small organic particles called gemmules that aggregated in the gonads, contributing heritable information to the gametes.[1] He presented this 'provisional hypothesis' in his 1868 work The Variation of Animals and Plants under Domestication, intending it to fill what he perceived as a major gap in evolutionary theory at the time.

Darwin's pangenesis theory was widely criticised, in part for its Lamarckian premise that parents could pass on traits acquired in their lifetime.

Nergens anders zie ik echt die opwinding die jij nodig vindt.
Je neemt het risico dat je enthousiast bent op basis van een onjuist begrip terzake.

Zie ENCODE project. En:
https://en.wikipedia.org/wiki/Confirmation_bias

P.S.
Keep up the good spirit Maarten!
(Enthousiasme wordt hier nogal als problematisch ervaren).

[Petra]

Dank je, Petra, voor jouw links. Epigenetic inheritence komt voor naast natuurlijke selectie.

Zo kan je inderdaad kenmerken van dieren en mensen toeschrijven aan aanpassingen van het organisme aan het milieu die doorgegeven werden van generatie op generatie.

Niet te snel Maarten.
Vergis je niet in het verschil tussen DNA genetische erfelijkheid en epigenetics.

Maar interessant zijn deze onderzoeken wel.
Ik leer steeds bij.

Interessant om te lezen dat epegentisch overerven niet de bedoeling van de natuur is, je zou moeten starten met een schoongeveegd DNA.( Deed me denken aan het tubala rasa principe)
Er schijnt i.i.g. 1% v/d epigenetisch opgeslagen invloeden de 'clean slate' dans te ontspringen..
En interessant dat het juist epigenetica is wat het klonen zo lastig maakt.
Jammer genoeg blijkt het ook van (negatieve) invloed bij kunstmatige inseminatie.

Bij mensen is het enorm lastig te onderzoeken. Door de tijd die dat kost en door veranderende omgevingsinvloeden.
De omgevingsinvloeden spelen op elk moment al bij 3 generaties tegelijk. Je kunt dus pas van overerving spreken als je het bij de 4e generatie tegenkomt. Maar een eigenschap kan geërfd zijn door een 4e generatie en daarna door een veranderde omgeving weer zijn teruggedraaid. Waardoor het niet meer zichtbaar is.

[heeck]

Je borduurt kennelijk door op je wens. Vergelijkbaar met het enthousiaste onthaal in creationistische kringen.

Roeland

Over Darwin:
https://en.wikipedia.org/wiki/Pangenesis
Knip. Knip

Nergens anders zie ik echt die opwinding die jij nodig vindt.
Je neemt het risico dat je enthousiast bent op basis van een onjuist begrip terzake.

Zie ENCODE project. En:
https://en.wikipedia.org/wiki/Confirmation_bias

P.S.
Keep up the good spirit Maarten!
(Enthousiasme wordt hier nogal als problematisch ervaren).

Petra,

Tja, dat zal het wezen?
Bangigheid voor nieuwe onderzoeksresultaten?

Simpelheid troef!

Roeland

[heeck]

Inktvissen doen het ook:
https://bionieuws.nl/artikelen/inktviss ... eigen-rna/

Ook in reactie op temperatuur.

Daarom argument voor Lamarck?
Evenmin als “14”

Roeland

[MaartenV]

Keep up the good spirit Maarten!
(Enthousiasme wordt hier nogal als problematisch ervaren).

Ja, dank voor de aanmoediging, Petra.

Ik moet wel zeggen dat ik hier veel bijleer en ik het een boeiend forum vind.

Maar men verwacht hier soms dat je met een stelling komt die zodanig onderbouwd is dat je moet voldoen aan de wetenschappelijke criteria waaraan een publicatie in een wetenschappelijk tijdschrift moet voldoen, heb ik soms het gevoel. Waardoor je bijna een doorbraak in de wetenschappen moet aanbrengen of het wordt onder pseudowetenschap of kwakpraat geklasseerd. De lat ligt hoog. Wat ergens ook een intellectuele uitdaging is om je argumenten nog meer te verfijnen. Een theorie 'onder constructie' of een terloopse filosofische mijmering met een paar argumenten 'pro' is niet goed genoeg. Ofwel de huidige wetenschappelijke consensus aanvaarden (en dus niet in discussie gaan) ofwel een nobelprijswaardige onderbouwing aanbrengen of als kwakprater worden gebrandmerkt. Dat zijn de keuzemogelijkheden. Maar verder leer ik hier graag bij en vertrouw ik mijn gedachten graag aan het forum toe.

[pallieter]

Maar men verwacht hier soms dat je met een stelling komt die zodanig onderbouwd is dat je moet voldoen aan de wetenschappelijke criteria waaraan een publicatie in een wetenschappelijk tijdschrift moet voldoen, heb ik soms het gevoel. Waardoor je bijna een doorbraak in de wetenschappen moet aanbrengen of het wordt onder pseudowetenschap of kwakpraat geklasseerd. De lat ligt hoog. Wat ergens ook een intellectuele uitdaging is om je argumenten nog meer te verfijnen. Een theorie 'onder constructie' of een terloopse filosofische mijmering met een paar argumenten 'pro' is niet goed genoeg. Ofwel de huidige wetenschappelijke consensus aanvaarden (en dus niet in discussie gaan) ofwel een nobelprijswaardige onderbouwing aanbrengen of als kwakprater worden gebrandmerkt. Dat zijn de keuzemogelijkheden. Maar verder leer ik hier graag bij en vertrouw ik mijn gedachten graag aan het forum toe.

Maarten,

Tja, als je met theorieën afkomt die de volledige ingaan tegen de wetenschappelijke consensus verwacht ik persoonlijk wel dat je ten minste een idee hebt wat de wetenschappelijke consensus vandaag over dat topic is.

Als ik hier een paar stellingen ga brengen over de opstelling van Ajax zonder dat ik weet wie er bij Ajax speelt zullen de meeste mensen toch wel even hun wenkbrauwen optrekken. Blijkbaar telt dit niet wanneer het over wetenschap gaat.

Heb je mij ooit met nieuwe theorieën weten afkomen Maarten? natuurlijk niet, ik doe geen wetenschappelijk onderzoek. Tientallen miljoenen wetenschappers doen dit echter wel en die produceren de meest wonderbaarlijke wetenschappelijke doorbraken.

Maarten, moest je nu eens die wetenschappelijke publicaties of wetenschappelijke artikels posten en hier bediscussiëren zal je zien dat de lat helemaal niet hoog ligt. Wanneer je het natuurlijk beter wil weten dan miljoenen wetenschappers, wel dan ga je inderdaad met een nobelprijswaardige onderbouwing moeten afkomen. En wees gerust Maarten, die Nobelprijs krijg je er dan zonder enige twijfel gratis bij.

[Maria]

Ik moet wel zeggen dat ik hier veel bijleer en ik het een boeiend forum vind.

Maar men verwacht hier soms dat je met een stelling komt die zodanig onderbouwd is dat je moet voldoen aan de wetenschappelijke criteria waaraan een publicatie in een wetenschappelijk tijdschrift moet voldoen, heb ik soms het gevoel.

Misschien niet met stellingen komen, maar met vragen.
Omschrijf waar je aan zit te denken en waar je zelf al de problemen ziet en vragen hebt.

Vanaf dat moment zul je niet meer zwart-wit tegengesproken en afgevallen worden, maar krijg je gemakkelijker meedenkers.

[Petra]

Misschien niet met stellingen komen, maar met vragen.
Omschrijf waar je aan zit te denken en waar je zelf al de problemen ziet en vragen hebt.

Vanaf dat moment zul je niet meer zwart-wit tegengesproken en afgevallen worden, maar krijg je gemakkelijker meedenkers.

Mensen zijn verschillend. Sommigen nemen stelling en gooien die op ter discussie. Anderen vragen. Anderen houden juist van bronnen (moi), anderen...
Als je het kunt loslaten om van iedereen te verwachten dat ze op de voor jou/mij etc. beste manier handelen dan geeft dat lucht/ruimte en meer diversiteit in discussies.

Tegenspraak is IMO voor Maarten geen probleem. Integendeel!
Het is denk ik in het algemeen geen probleem. Het is de toon en de manier waarop wat het vervelend maakt. Wat dat betreft zijn mensen als Maarten een aanwinst waar een hoop mensen van kunnen leren.

[Petra]

Keep up the good spirit Maarten!
(Enthousiasme wordt hier nogal als problematisch ervaren).

Ja, dank voor de aanmoediging, Petra.

Ik moet wel zeggen dat ik hier veel bijleer en ik het een boeiend forum vind.

Maar men verwacht hier soms dat je met een stelling komt die zodanig onderbouwd is dat je moet voldoen aan de wetenschappelijke criteria waaraan een publicatie in een wetenschappelijk tijdschrift moet voldoen, heb ik soms het gevoel.

Waar ik het volledig mee eens ben; het wetenschappelijk onderbouwen van stellingen.
Maar ik besef wel dat ik nou eenmaal juridisch getraind ben m.b.t. bewijslast.
Van mij hoeft niet iedereen dat te doen. Als ik het interessant vind ga ik zelf wel op speur.

Wat die lat betreft: veel wordt al aan kwak toegeschreven voor er goed is nagedacht over wat er nou eigenlijk precies gesteld wordt. Ook dan met meningen zonder onderbouwing.

[Petra]

Inktvissen doen het ook:
https://bionieuws.nl/artikelen/inktviss ... eigen-rna/

Ook in reactie op temperatuur.

Daarom argument voor Lamarck?
Evenmin als “14”

Roeland

Misschien wel een argument voor Darwin.
Even simpel als "15"

Uit jouw link:

Implicaties
‘Rna-editing is een opkomend en veelbelovend onderzoeksgebied’, zegt Marianne Rots, hoogleraar moleculaire epigenetica aan het Universitair Medisch Centrum Groningen. ‘Wat dat betreft is dit een interessante studie. We zien ook dat er bij mensen rna-modificaties plaatsvinden, maar weten nog niet goed wat de implicaties zijn.

ENCODE:
Related Projects
REMC: The Roadmap Epigenomics Mapping Consortium (ROADMAP) identified DNA methylation, histone modifications, chromatin accessibility, and small RNA transcripts in primary human tissues.